2016年1-3季度，三峡工程运行情况良好，防洪、发电、航运和水资源利用等综合效益显著发挥，三峡升船机进入试通航阶段并运行安全、有序。
前三季度，三峡水库累计来水3288.6亿立方米，较去年同期偏多11.2%，较初步设计同期多年平均值偏少7.7%。汛前消落期间，为下游补水170天，补水总量约217.6亿立方米；6月5日，提前5天消落至汛限水位，为全面防洪度汛工作做好准备。汛期，针对长江中下游地区遭遇自1998年以来最严重洪涝灾害的严峻形势，严格执行防汛主管部门的调度指令，统筹兼顾、科学调度，充分发挥了三峡工程的防洪功能。7月1日50000m3/s的长江“1号洪峰”，最大削减洪峰19000m3/s，避免了与长江中下游形成的“2号洪峰”叠加遭遇，大大缓解了长江中下游地区的防洪压力；1号洪峰过后，根据中下游的严峻防汛形势，主动多次适时减小出库流量，有效降低了长江中下游干流水位；6月10日-9月10日，三峡水库拦洪总量97.8亿m3。9月10日，三峡水库开始正式蓄水，起蓄水位145.96m，9月底三峡水库已蓄水至161.97m；为保障防洪安全和中下游地区生产生活用水需求，三峡水库起蓄水位和9月底蓄水位略低于往年同期水平。
前三季度，三峡入库泥沙约0.4亿t，与2003～2015年同期均值相比减少约60%；库区干、支流监测断面水质基本保持稳定，以Ⅱ～Ⅲ类为主；坝前累计清理漂浮物5.7万m3，全部打捞上岸并进行无害化处理；库区地震活动水平整体不高，以极微震为主，近坝库岸整体保持稳定。
前三季度，三峡船闸运行情况良好，通过货物货运量达8776万吨，与2015年同期相比增加8.1%，三峡船闸通航率为97.99%，高于84.1%的设计指标，船闸保持安全、高效运行。9月18日，三峡升船机进入试通航阶段。截至到10月8日，安全运行15闸次，通过各类船舶16艘次，通过旅客164人次，通过船舶货运量5008t。试通航以来，三峡升船机运行安全、有序。
前三季度，三峡-葛洲坝梯级电站共发电889.25亿千瓦时，较2015年同期增加83.42亿千瓦时。其中三峡电站发电745.65亿千瓦时，同比增加78.79亿千瓦时；葛洲坝电站发电143.60亿千瓦时，同比增加4.63亿千瓦时。
